Program Sarjana
Sarjana Teologi (S.Th.) dengan konsentrasi Pendidikan Agama Kristen
Program Studi S1 Teologi telah terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor: 089/SK/BAN-PT/Akred/S/III/2015 Tanggal: 13 Maret 2015.
Program Magister
Program Magister Pendidikan (M.Pd.) dengan konsentrasi Manajemen Pendidikan Kristen bekerjasama dengan Perkumpulan dan beberapa STT di Indonesia.
Program Magister Teologi (M.Th) saat ini dibuka dengan konsentrasi : Biblika, Dogmatika, Pastoral, serta Kepemimpinan dan Manajemen Gereja.
Program Doktor
Sekolah Tinggi Teologi Widya Agape membuka program Doktor Teologi (Dr.) yang saat ini masih bekerjasama dengan beberapa Sekolah Tinggi Teologi yang sudah terakreditasi.